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基因组重测序

作者:小编 更新时间:2022-05-06 点击数:

基因组重测序介绍:

  与基因从头测序不同,全基因组重测序是在已有物种参考基因组序列的基础上,对该物种的个体进行基因组测序,并和参考序列做比较,进行个体或者群体的差异分析。可以获得单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(INDEL)以及结构变异(SV)等信息,实现遗传进化分析以及重要性状候选基因的预测,对动植物育种以及人类疾病的研究具有重大的指导意义和产业价值。

  推荐SNP变异检测测序深度在5X以上,SV检测测序深度在10X以上。


  1.样品类型:基因组DNA;

  2.样品浓度:≥100 ng/ul;

  3.样品总量:≥30 ug;单次文库制备用量分别为10ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量(不包括样品检测损耗);

  4.样品纯度:OD260/280为1.8~2.2;

  5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。(距送样日最近的电泳结果)

 

样品保存与运输:

  1. 基因组DNA样品请仔细纯化,尽量避免污染,并请将所送样品保留备份;DNA样品置于1.5 ml无菌离心管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口;

  2. 植物组织样品请尽量选用幼嫩新鲜的,取样后用锡箔纸包裹并标注,立即液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注,立即液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品;

  3. 请将所有样品集中置于管、盒或袋中,以免散装导致样品的丢失。在运输过程中,最好放在干冰中,时间不要超过72小时,如果利用冰袋运输,则时间最好不要超 过24小时,尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。如果条件许可,可在邮寄的箱子上下添加部分棉花,以保证尽量隔绝热量的传递。



1.基因组denovo测序是研究的基础,重测序可以获得个体或者群体丰富的信息;

2.与传统测序方式相比,耗时短,成本低,通量大;

3.与芯片等杂交方法相比,数字化的数据保证结果更准确;

4.随着越来越多物种基因组序列被解读,适用范围越来越大;

5.技术成熟,结果被认可,易于产出高质量文章。


1.测序数据统计及质量评估;

2.SNP检测及在基因组中的分布;

3.InDel检测及在基因组的分布;

4.Structure Variation检测及在基因组中的分布;

5.移码突变的分布;

6.DNA水平差异基因分析;

7.遗传进化分析(多样本);

8.单体型预测(多样本);

9.全基因组关联分析(多样本)。


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