sRNA是一类长度在18-30 nt的小分子RNA，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等，sRNA几乎参与调控了动植物所有的生命过程，包括细胞增殖，分化，凋亡等，并且与人类疾病的发生发展密切相关。其中microRNA（miRNA）转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。利用高通量测序对18-30 nt的sRNA进行分析，能够快速全面地鉴定该物种在特定状态下的sRNAs和发现新的sRNAs，并可对miRNA的靶基因进行预测和功能分析。sRNA测序为研究sRNA的种类、结构和功能及基因调控机制提供了有力工具。

1. 质检文件：样本质检报告和质控报告；

2. 测序数据质量评估与处理；

3. 数据拼接与组装；

4. 鉴定已知LncRNA和mRNA，筛选新的LncRNA和mRNA；

5. 组间差异LncRNA和mRNA筛选；

6. 差异lncRNA与mRNA共表达网络分析；

7. 差异lncRNA和mRNA的GO注释；

8. 差异lncRNA和mRNA的Pathway代谢通路注释；

9. 差异lncRNA-mRNA的GO富集分析；

10. 差异lncRNA-mRNA的Pathway富集分析。

1. 性价比高：最少量样品，一次测序得到数百万条序列，单次运行可经济分析多个样品；

2. 文库优化：采用核糖体去除和链特异性文库构建方案，保留了完整的lncRNA和mRNA序列，以及序列方向性。

2. 分析结果严谨且全面：系统收集lncRNA数据库用于鉴定已知lncRNA，并设置严格的筛选条件用于发现新lncRNA。除已知序列信息的lncRNA，还可预测和研究潜在的lncRNA分子；

3. 灵敏度高：数字化信号，灵敏度高，可以准确检测到痕量表达的lncRNA；

4. 数据量产出大：可一次性获得样本中几乎所有的lncRNA信息，有利于提高后续分析结果的准确性和全面性；

5. 重复性最好，背景噪音最低，精确度最高。

（一）样品类型

　　1. 总RNA：样品浓度≥200 ng/µl，样品总量≥3 µg；样品纯度： OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260 nm处有正常峰值。RNA完整性： 电泳检测28S/18S≥1.5，Small RNA要求电泳后有单一5S条带。

　　2. 组织：植物组织样品取样后用锡箔纸包裹并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中；动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，立即液氮速冻，保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取（普通样品0.6 g以上，RNA含量少的花、果实等组织需要加量送）；

（二）样本运输

　　1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中，置于1.5 ml RNase-free离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口，干冰运输；

　　2. 植物组织、动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注，使用足量的干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。