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lncRNA测序

作者:小编 更新时间:2022-05-07 点击数:

        长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类转录本长度超过 200 nt的 RNA分子,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。


        近年来的研究表明,lncRNA 参与了 X 染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中 4%~9%的序列产生的转录本是 lncRNA(相应的蛋白编码 RNA的比例是 1%),虽然近年来关于 lncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分的 lncRNA的功能仍然是不清楚的。


        目前高通量研究 lncRNA的主要手段是微阵列芯片技术以及基于 RNA-Seq的高通量测序技术。微阵列技术目前主要只是基于已有序列开展研究工作,而 RNA-Seq技术可针对全部全转录本开展研究,一次性可获得样本中几乎全部的 lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析。

    

    1. 质检文件:样本质检报告和质控报告;

    2. 测序数据质量评估与处理;

    3. 数据拼接与组装;

    4. 鉴定已知LncRNA和mRNA,筛选新的LncRNA和mRNA;

    5. 组间差异LncRNA和mRNA筛选;

    6. 差异lncRNA与mRNA共表达网络分析;

    7. 差异lncRNA和mRNA的GO注释;

    8. 差异lncRNA和mRNA的Pathway代谢通路注释;

    9. 差异lncRNA-mRNA的GO富集分析;

    10. 差异lncRNA-mRNA的Pathway富集分析。



    1. 性价比高:最少量样品,一次测序得到数百万条序列,单次运行可经济分析多个样品;

    2. 文库优化:采用核糖体去除和链特异性文库构建方案,保留了完整的lncRNA和mRNA序列,以及序列方向性。

    3. 分析结果严谨且全面:系统收集lncRNA数据库用于鉴定已知lncRNA,并设置严格的筛选条件用于发现新lncRNA。除已知序列信息的lncRNA,还可预测和研究潜在的lncRNA分子;

    4. 灵敏度高:数字化信号,灵敏度高,可以准确检测到痕量表达的lncRNA;

    5. 数据量产出大:可一次性获得样本中几乎所有的lncRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和全面性;

    6. 重复性最好,背景噪音最低,精确度最高。



(一)样品类型

  1. 总RNA:样品浓度≥200 ng/µl,样品总量≥10 µg;样品纯度: OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260 nm处有正常峰值。RNA完整性: 电泳检测28S/18S≥1.5。

  2. 组织:植物组织样品取样后用锡箔纸包裹并标注,立即液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中;动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注,立即液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品且样品量至少满足3次以上提取(普通样品0.6 g以上,RNA含量少的花、果实等组织需要加量送);

 

(二)样本运输

  1. 总RNA样品请溶于RNase-free H2O或乙醇中,置于1.5 ml RNase-free离心管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口,干冰运输;

  2. 植物组织、动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注,使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。


(三)飞凡检测质检报告流程:

    1、 提供产品资料

    2、 工程师根据您品资料的产品推荐合适检测项目,并给出报价

    3、 确认报价没有问题,然后把样品送到我们实验室

    4、 支付检测费用,安排检测

    5、检测完成,出具检测报告,邮寄给客户

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关于飞凡



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飞凡检测致力于打造国内专业的第三方检测服务公司,不断优化整合市场检测资源,飞凡检测与多家科研院所,如上海同济大学,苏州大学,SGS,TUV,以及国内众多知名的检测公司进行深度合作,共同为国内制造业服务,为中国的制造业开拓海外市场保驾护航,为我们日常生活的健康安全树立标杆;公司目前工程师百余人,95%以上是本科以上学历;我们合作的实验室通过CNAS,CMA(EZ),所出具的任何一张报告都有CNAS,CMA资质,确保出具的每份报告都具有权威的法律效力。



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