即基因组从头测序，是对基因序列未知物种通过测序的方法获得其全基因组序列。基因组从头测序最早采用的是Sanger测序技术，也就是所谓的一代测序技术，其读长约1k，相对而言，建库过程异常繁琐，耗费周期长，成本较高。随着二代测序技术的成熟，Illumina Solexa为代表在基因组测序中已经步入主流。相较于一代，Illumina Solexa平台具有高通量、高准确率以及单位成本低等特点。

　　按照不同动植物的物种特点和基因组复杂程度，基因组可分为简单基因组和复杂基因组。
　　简单基因组：主要指重复序列比例低于50%的单倍体或高纯合二倍体（杂合率低于0.5%），如大部分的哺乳类动物、鸟类和栽培作物等。
　　复杂基因组：主要指重复序列比例高于50%、或杂合率高于0.5%的二倍体基因组，及多倍体基因组，如大部分林木、水产类和昆虫等。而根据杂合度、重复序列的比例，二倍体复杂基因组又分为高杂合基因组、高重复基因组等。

基因组拼接组装统计
　　提供基因组拼接的基本信息，包括原始数据统计、测序覆盖度统计、Contig N50大小、基因组GC含量等信息。

基因组注释
　　包括基因预测、基因结构注释、基因功能注释（与Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro、GO、KEGG等数据库进行同源比对）、重复序列分析及ncRNA注释等。

基因功能分类
　　包括GO富集分析、KEGG通路分析等。

进化分析
　　包括共线性分析，大片段复制分析，物种进化树

　　应选择纯合或杂合度尽可能小的样品（杂合度<0.5%）的个体进行基因组测序。
　　植物：需要黑暗无菌条件下培养的黄化苗、组培苗。选择纯合或杂合度尽可能小的样品（杂合度<0.5%）。
　　动物：应在含脂肪较少的肌肉、血液等部位取样，尽量选择同一个体取样，以减少个体差异性对后续拼接的影响。 样本的性别决定模式是XY型，则尽量选择雌性个体（XX型），如果是ZW型，则尽量选择雄性个体（ZZ型）。